顺利连任总统之后，李登辉仍有两个政敌要处理，一为行政院长李焕，二为国防部长郝伯村。前者和李登辉公开不合，后者则号称哪怕台湾军队搞十年人事变动换上去的也全是他的人，都属于李登辉实现“军队国家化”的巨大阻碍。1990年非主流阵营在总统选举中溃败之后，李焕对连任行政院长仍是志在必得，李登辉阵营里也拿不出比他更像样的人选来。此时李登辉又做了一个让所有人都大为惊叹的决定：用郝伯村顶替李焕成为行政院长。李焕自知威望远远不如郝伯村，当下就悲叹自己完蛋了；而郝伯村表面上出将入相，好不风光，一下达到了“政治生涯的最高点”，实际上则被“杯酒释兵权”，李登辉趁虚安排自己的人马大举进入军界，没过几年就联合民进党将郝伯村从行政院长的位置上扒了下来；非主流阵营更是几乎土崩瓦解，被李登辉一一分化击破，此计可谓一石三鸟。
在1993年郝伯村下岗之后，李登辉已经集党政军三权于一身，可谓权倾一时无人能挡。如果单把这段经历拿出来看，李登辉似乎只不过是另一个老谋深算阴险狡诈的独裁者，但他一方面在国民党内凝聚权力、搞得“官不聊生”，一方面却又还政于民，大踏步的推动着台湾的民主化改革。