然而，几年之后，英王亨利八世因为和教皇发生了冲突从而改变了对宗教改革的态度。他们发生冲突的原因是，教皇因为受制于西班牙国王查理五世，便不同意英王和西班牙凯瑟琳公主离婚。而亨利八世想要离婚的原因是，他想要迎娶年轻貌美的宫女安·普琳为英国王后。这背后更深层次的原因是，英王和西班牙皇室的联姻已经没有意义了，但是如果和教皇决裂并且使英国教会独立出来，亨利八世就能从英国天主教教会中获得大量的金银财宝和地产。
但是在莫尔看来，这种改革并不比马丁·路德倡导的宗教改革好到哪里。因此，莫尔于1532年，在英王非常需要他的支持时辞去了英国大法官一职，回到了隐居的生活，但这并不能阻止英王对他施行报复。从他拒绝出席安·普琳的王后加冕典礼开始，英王就对他怀恨在心了。
莫尔被指控为叛国罪，理由是他勾结修道士尼巴顿，而尼巴顿曾经预言，如果英王娶安·普琳为后，将会遭到毁灭性打击。但是事实上对莫尔的指控是毫无根据的，因此莫尔被无罪释放。当莫尔的女儿对此表示高兴时，他说：“把事情搁置在一旁并不意味着这件事情会被遗忘。”