由于百丈禅师为禅宗丛林立下《百丈清规》[5],使得中国的僧团走向制度化、合理化的僧伽生活。例如明定四十八单职事,各司其职,使得寺务运作组织化、系统化;又订定各种修持行仪、日用轨范等,使得僧众具足威仪,心不放逸,身不踰矩。尤其设立住持一职,领众熏修,综理寺务,丛林规模于焉建立。
可惜《百丈清规》一书历经时代更迭,今已散佚。现行通用的《敕修百丈清规》,是元代江西百丈山住持德辉奉敕重新编修,其中前四章规定有关祝圣、国忌、祈祷、佛诞节、涅槃节、达摩忌、百丈忌及各寺历代诸祖忌等仪式,此皆律所未定,古规所缺者;五至九章,则为丛林的规章制度,包括住持日用[6]、职事行事、两序进退、大众修持等。
《百丈清规》之后,我国陆续撰出的清规尚有:宋代宗赜作《禅苑清规》[7]、瑞严无量宗寿禅师作《日用小清规》、婺州金华惟勉禅师作《丛林校定清规总要》、元代东林泽山弋咸禅师作《禅林备用清规》、中峰明本禅师作《幻住庵清规》[8]、道齐作《禅苑清规总要》、继洪作《村寺清规》、明代天界道盛禅师作《寿昌清规》、清道光源洪禅师著《百丈清规证义》等,近代则有《金山江天禅寺规约》、《高旻寺规约》、《佛光山禅堂规约》等。