面对守旧文人的挑战，蔡元培并没有退让。他读到林纾给他的公开信后，当天即写了《致〈公言报〉函并附答林琴南君函》，批驳了林纾对北京大学、对新文化运动的指责。针对“覆孔孟，铲伦常”的指责，他说：“《新青年》杂志中，偶有对孔子学说之批评，然亦对于孔教会等托孔子学说以攻击新学说者而发，初非直接与孔子为敌也”。并且质问：北京大学教员“曾于何书何杂志，为不仁、不义、不智、不信，及无礼之主张者？”他重申了“循思想自由原则，取兼容并包主义”的原则，表明了容许新思潮新文化在北京大学存在的态度。他还反问林纾：“公曾译有《茶花女》、《迦茵小传》、《红礁画桨录》等小说，而亦曾在各校讲授古文及伦理学。使有人诋公为以此等小说体裁讲文学，以狎妓、奸通、争有夫之妇讲伦理者，宁值一笑欤？然则革新一派，即偶有过激之论，苟于校课无涉，亦何必强以其责任归之于学校耶？”[18]蔡元培义正词严的答辩，使林纾无以反驳。
当时，像林纾这样思想保守的文化人并非绝无仅有。如北京大学复古派教授辜鸿铭，拖着长辫子讲授西洋文学。他于1915年出版《春秋大义》（即《中国人的精神》），提倡“尊孔”，鼓吹中国固有文化的价值。《东方杂志》于1918年6月从日文译载了称赞辜鸿铭《春秋大义》的文章——《中西文明之评判》。再如刘师培、黄侃等人于1919年1月成立国故社，创办《国故》月刊，以对抗《新青年》、《新潮》等进步刊物。