孙传芳和周荫人携手进入福建，先是驱逐了王永泉，随后周荫人又将驻扎在闽南的臧致平和杨化昭驱逐，臧致平和杨化昭所部离开福建之后，即假道江西进入浙江，被浙江督军卢永祥收留。这样一来，卢永祥的势力增强，对齐燮元构成了巨大威胁，苏浙之战便无法避免了。8月15日，齐燮元电召徐州镇守使陈调元、海州镇守使白宝山到南京，随后在军署召开秘密军事会议，江苏方面所有的重要将领均到会。
会议结束之后，齐燮元自任总司令，在苏州设立总司令部，将所部编为八个支队，以吴恒瓒统率先锋队，宫邦铎、卢原书、李殿臣、黄振魁、朱熙、杨春普、白宝山、马玉仁为各路支队司令。陈调元在南京做各路接应，吴鸿昌为徐属守备司令兼代徐海镇守使，齐宝善为扬属守备司令，王健飞代理江宁镇守使，王桂林为卫戍司令，维持省城治安，席荣为总执法处长，刘玉珂为总参谋长。总兵站司令部设于南京下关澄平码头，刘同春为总兵站司令。