赫拉克利特的学说偏重神秘主义，但是又不同于一般的神秘主义。他认为万物的本原都是火，世界万物是由火产生的，消亡时又都要复归于火。他说：“这个万物同一的宇宙既不是任何神，也不是任何人创造的，它过去是、现在是、将来也是一团永恒的活生生的火，按照一定的分寸燃烧，按照一定的分寸熄灭。”
他还认为，人的灵魂是由水和火两部分组成的，火代表高尚，水代表低贱，因此灵魂应该是干燥的。醉酒令人快乐，但也会导致灵魂变湿，如果变成水就代表这个灵魂死掉了。
赫拉克利特的这些理论与尼采类似，都透露着一股高傲。可以看出他认为人应该自己掌握命运，并反对纵欲享乐。
“人不能两次踏进同一条河流”是赫拉克利特很有影响的一句名言，体现了朴素的辩证法思想。河里的水是不断流动的，这次踏进河里，水流走了，下次踏进河里时，又流来新的水。河水川流不息，所以人不可能两次踏进同一条河流。