中共党员和青年团员以个人身份加入国民党后，中共的组织系统仍然在国民党之外独立存在。中共在国民党内设有“党团”，并通过“党团”指挥其党员、团员在国民党内统一言论和行动。中共的“党团”活动是秘密进行的。国民党并不清楚中共党、团员的真实身份，分不清谁是中共跨党党员，谁是纯粹的国民党员。中共跨党党员因具有国共双重党籍，对外可以打着国民党的旗号活动，对内则接受共产党的组织领导。国民党的活动，中共一目了然；而中共的活动，国民党一无所知。国民党人感到自己在明处，而中共在暗处。这种“党内有党”的合作方式，难免引起国民党人的猜疑和担心。
作为跨党党员，原则上既要承担国民党内的工作，又要完成中共分派的任务。当两者相容相合时，固可相互兼顾；当两者发生冲突时，则以中共利益为优先。由于两党性质不同，目标有异，纲领有别，一激进、一温和，一严密、一松散，因而两党之间既有联合又有斗争。就联合而言，国共两党都相当被动；就斗争来说，有时是国民党主动，有时是共产党主动。初期以联合为多，后期以斗争为主，愈往后，斗争愈趋激烈。国共双方最初都有利用对方以完成自身革命的意图。“共党利用国党之党势，孙中山先生之人望；而国党则有需于共党之国际的后援，与其勇往迈进之气概”。但国民党只愿意共产党人在国民党的主义、组织和领导下行事，不希望共产党在国民党之外独树一帜，力图限制甚至消解共产党；而共产党根据共产国际的指示在国民党的旗帜下开展活动，希望借助国民党以壮大自己，进而从内部改造国民党，但中共很快发现这种“党内合作”方式不利于自身独立自主的发展，最终陷入进退两难的境地。