可是让众人震惊的还远不止这些，许铭继续宣读着朝政改革方略。
方略中，又将原兵部分解为国防部和装备部：国防部只负责大明各地兵马的征召、操练、新式军校的管理，由幕府兵部部长田辉叙出任国防部尚书。
装备部负责火器督造处、兵甲督造处、灵山卫造船厂三处的管理，负责明军兵备的打造和研发、调拨、储存等，由幕府兵部副部长荀景云为装备部尚书。
另外刘衍还要新增参谋部，由陈新甲出任尚书，幕府参谋李继文、胡宗明，以及原内阁首辅蒋德璟为参谋，并且招募知兵大臣为侍郎，负责制定大明的军事方略，兼管调兵事宜。
如此，刘衍便将大明的军权一分为三，统兵权归国防部，调兵和方略的制定归参谋部，兵备武装归装备部。今后各地总兵官、总督只有带兵的权利，至于装备的供应、方略的审核，这些权力都将收归朝廷，如此可以有效大夫防止拥兵自重的情况发生。
当然这种操作也会造成宋朝那样的结果，那就是军队的战力下降，各个机构之间互相扯皮。
不过刘衍也有解决办法，那就是将在明军中大力普及火器，今后的明军将全部参照新军的模式进行整顿，用装备优势和战术优势来抵消制度造成的战力消减。