处理完杨鹤这一边，崇祯松了一口气，可是，令他惊骇的事情接踵而来——登州游击孔有德起兵反叛！叛兵在山东、直隶交界处势如破竹，连陷陵县、临邑、商河，残齐东，围德平。既而撤了德平之围，陷青城、新城。其中新城受害最惨，知县秦三辅，训导王协中，举人张舆夔、张俨平，都被杀死。又有直鲁豪富王象乾一家，无论男女老幼，仆妇丫头，共计五百余口尽遭凌迟而死。只有王象乾的弟弟王象春一人因经商在外，得逃灭顶之灾。
疏报递至御前，登时惊得崇祯头皮发乍，坐立不宁。他一面派人打探叛军起事原委，一面召集九卿科道商议对策。
不久，负责监视登州兵粮海禁的太监吕直急递来奏疏，说明了叛乱经过：原来，登莱巡抚孙元化赴任时，带去七千辽兵。辽兵贪淫强悍，登州百姓怨声载道。适值大凌河有难，孙元仕便命左骑营参将孔有德，右参营都督挥陈有时，东江副总兵毛承禄三个人率辽丁赴援，一则缓解当地百姓的怨气，二则让辽兵援辽，正好回老家走走，三则在皇上面前卖乖，正是三全齐美的打算。谁知孔有德率兵从海道援辽时，正赶上大风暴，海船被毁，兵卒死伤过半，只得又回到登州。孔元化便令三人重新从陆路北向，辽兵受了挫折，不免满腹牢骚，一路磨磨蹭蹭，前队已至吴桥，后队尚迟滞在新城，松松垮垮，不成个样子。