罗伯特·李在情感上反对南方脱离，并曾于1861年在信中猛烈抨击为“完全是一场革命”，背叛开国先烈。然而他因效忠于出生地—弗吉尼亚，而加入联盟国—南方。一个人不能将自己的剑指向自己的家乡。即使是整个南方，也不能简单地说独立只是为了保全奴隶制。因为奴隶主只是南部白人中的少数，只有5%的白人拥有奴隶。美国历史学家就说，战争爆发时，“南部人民在争取独立上几乎是万众一心的”。一个不能抓壮丁的地方，政府要开动战车是需要足够的民意基础。
其实罗伯特·李是热爱联邦的。在给姐姐的信中，他说弗吉尼亚退出联邦的行动是错误的。但是，他也忠诚于弗吉尼亚：“尽管我如此热爱联邦，可我却无法下决心举起拳头去打我的亲戚、我的孩子、我的家。”
李的英勇行为和忠诚受到南方头头们的青睐，他被任命为弗吉尼亚司令官和戴维斯总统的军事顾问，之后又担任了南部同盟军的总司令。但是战争刚开始的几个月之中，他并无惊人表现，主要是由于他把全部精力都用在建造防御工事上了，渐渐地部下开始讽刺他，给他起了一些乱七八糟的外号，诸如“婆婆妈妈的李”“后撤的李”“铁锹王”什么的。不过戴维斯总统对他却极其信任，可谓慧眼识才！