到了万历三十三年，主持“京察大计”的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔，就把浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人贬谪了。但南京的“京察大计”主持者则是齐、楚、浙党主持，他们借机斥逐东林党的官员。
到了万历四十五年，浙党首领又当上了内阁首辅，这一年的“京察大计”，东林党人受到很大的打击。这样一来，就形成了一种朋党混争的局面，东林党人的政治主张也和他们排除异己的动机纠缠不清了，给攻击他们的人制造了口实。
此后几年，东林党人处处受到浙党等“联盟阵线”的挤压，明显处于落势之中。
但由于东林党人在“争国本”事件（为了朱由校他爹朱常洛当太子引发的风波）和以后发生的明宫三大案中（梃击案、红丸案，以及魏忠贤参与过的移宫案），都从维护皇权的立场出发，坚持反对郑贵妃、李选侍干政，公开抨击危害皇太子、皇帝的行为，主张严厉追查三案的当事人及其幕后主使者，而深受光宗与熹宗（即位初）的信任。
从此时起一些东林党人开始走上内阁等中枢岗位，如叶向高、赵南星、高攀龙、顾大章、杨涟等人，他们都是东林党的代表人物，也都身居要职，所以他们逐步控制了外廷。