但尽管如此，还是有些官吏胆敢以身试法，洪武十八年（公元1385年），有人告发二司与户部侍郎郭桓勾结贪污，朱元璋迅速查勘，追出赃粮七百万石。朱元璋大怒，把六部左右侍郎以下的官吏全部处死。经过拷问，又牵连了许多人，最后杀人总数，包括官吏和地主竟达数万人之多。在这种严刑峻法和“运动”打击结合的综合治理下，洪武年间的吏治总算呈现出了新的面貌。
其三是对官吏实行特务统治。朱元璋设立了巡检司和锦衣卫，让巡检司专门负责盘查全国各地的过往行人，人们被限制在方圆一百里的活动范围之内，如有超出，须事先弄得“路引”，这是防止人民串联造反的重要措施。锦衣卫则是专门负责监视百官的动静的，就连街衢之上，也布满锦衣卫。这样，吏民的一言一行都逃不过皇帝的耳目。
