到公孙述据蜀称帝，文齐拒绝其封侯之赏，文齐不顾妻子遭蜀拘留的危险，坚决不投降。当他得知刘秀即位的消息后，立即遣使者前往联系。当蜀地平定之后，东汉征文齐为镇远将军，封成义侯，但让人感到惋惜的是他于应征赴京途中死去。建武十八年，夷渠帅栋蚕与姑复、榆、弄栋、连然、滇池、建伶、昆明诸种反汉，杀长吏；“益州太守繁胜与战而败，退保未提(今云南昭通)”。第二年，东汉派遣武威将军刘尚等发广汉、犍为、蜀郡及朱提夷，“合万三千人击之”。汉军渡沪水(又名若水),入益州界。群夷见东汉大兵压境，“皆弃垒奔走”,刘尚只好带兵返回。建武二十年，汉又“进兵与栋蚕等连战数月，皆破之”。第二年正月，汉军追至不韦(今云南保山东北),终于斩杀了夷渠帅栋蚕，“几首虏七千余人，得生口五千七百人，马三千匹，牛羊三万余头”。这样，益州诸夷开始平定下来。
哀牢夷。这是云南西部中缅边界一带的少数民族。建武二十三年，哀牢王贤栗派兵乘卑船(竹排)南下，试图举兵征服附塞夷鹿多。鹿多人弱，为所擒获。“于是震雷疾雨，南风飘起，水为逆流，飞涌二百余里，卑船沉没，溺死数千人”。贤栗又派其六王率万人进攻鹿多，结果六王被杀。