像土地兼并、军政败坏等重大的问题，朱祐樘没有解决，也没有能力解决，只能听之任之、小修小补。他曾经命人清查土地，收回勋贵势力侵占的庄田。表面上看很不错，有壮士断腕的决心，实际上呢，清查的都是已故太监的土地，或者是权力不大、背景不深的官员的土地，有权有势的他就不敢动，因为涉及的利益面太广了，不愿造成统治集团内部的矛盾。利益集团内部的自我清查，怎么可能会有好结果？
在军政方面，那更是百弊丛生，比如虚报人数，名单上有五千个士兵，实际上操练的也就一千人，多出来四千人的军饷去哪儿了，猜都能猜到；军队将领又贪婪又怯懦，克扣部下军饷、指挥部下替自己干私活，口气大得很；一遇到蒙古人，就怂得不敢出战，全指望兄弟部队，大家你看我，我看你，谁都不作为，放任敌军烧杀抢掠。弘治十五年（公元1502年），朱祐樘命令刘大夏管理兵部，刘大夏说身体不好，不愿意接手。皇帝纳闷了，你为什么要推辞呢？刘大夏表示现在民穷财尽，兵部是个烫手的山芋，怕管不好要担责任；最后皇命难为，该做还得做。
后来朱祐樘又问：“您说天下民穷财尽，可是祖宗不也是按时征税吗？他们在的时候怎么就没有这样呢？”刘大夏回答：“正谓不尽有常耳。如广西岁取铎木，广东取香药，费固以万计，他可知矣。”皇室额外的要求太多了，铎木、香药两项耗费的资金就上万，再算上其他的，索取过多，老百姓怎么能不穷？皇帝又问军队，刘大夏说和老百姓一样穷，军饷都被长官克扣了一半以上，拿什么养家糊口？朱祐樘长叹一句：“朕临御久，乃不知天下军民困，何以为人主！”当了十几年皇帝，却完全活在自己的臆想中，不知基层的辛酸。