409年，刘裕出兵灭南燕。想要停镇下邳，经营河、洛，而后方又有变故。先是399年，妖人孙恩起兵会稽[138]，剽掠沿海，后为刘牢之及刘裕所破，入海岛而死。其党卢循袭据广州。桓玄不能讨，用为刺史。卢循又以其妹夫徐道覆为始兴[139]相。刘裕北伐时，卢循、徐道覆乘机北出，沿江而下，直逼京城。此时情势确甚危急。幸得刘裕赶速回兵，以疲敝之众，守住京城。卢循、徐道覆不能克，退回上流，为裕所袭败。裕又遣兵从海道袭据广州，到底把他们打平。刘裕于是剪除异己。至417年，复大举以灭后秦。此时后魏正值中衰；凉州一隅，自前秦亡后，复四分五裂，然其中并无强大之国；夏虽有剽悍之气，究系偏隅小国；倘使刘裕能在关中驻扎几年，扩清扫荡之效，是可以预期的，则当南北朝分立之初，海内即可有统一之望，以后一百七十年的分裂之祸，可以免除了。然旧时的英雄，大抵未尝学问。个人权势意气之争，重于为国为民之念。以致同时并起，资望相等的人物，往往不能相容，而要互相剪灭，这个实在使人才受到一个很大的损失。刘裕亦是如此，到灭秦时，同起义兵诸人，都已被剪除尽了。手下虽有几个勇将，资格都是相等的，谁亦不能统率谁。而刘裕后方的机要事务，全是交给一个心腹刘穆之的，这时候，刘穆之忽然死了，刘裕放心不下，只得弃关中而归，留一个小儿子义真，以镇守长安。诸将心力不齐，长安遂为夏所陷。刘裕登城北望，流涕而已。内部的矛盾，影响到对外，真可谓深刻极了。420年，刘裕篡晋，是为宋武帝。三年而崩。子少帝立，为宰相徐羡之等所废，迎立其弟文帝。文帝亦是个中主，然无武略，而功臣宿将，亦垂垂向尽。自北府兵创立至此，不足五十年，南方新兴的一种中心势力，复见衰颓。北魏拓跋珪自立，是为道武帝。道武帝末年，势颇不振。子明元帝，亦仅谨守河北。明元帝死，子太武帝立，复强。431年灭夏。436年灭燕。凉州之地，亦皆为其所吞并。天下遂分为南北朝。